市立長浜病院脳神経外科は京都大学医学部附属病院脳神経外科の関連施設です。1983年4月に開設され、1988年に脳神経外科医が常勤となりました。2013年8月、滋賀県内で最も早く脳卒中ケアユニット（SCU）の運用を開始しました。

　脳神経外科では、脳卒中や脳神経外傷などの救急疾患、脳腫瘍に加え、てんかん・パーキンソン病・三叉神経痛・顔面けいれん等の機能的疾患、小児疾患、脊髄・脊椎・末梢神経疾患を対象としています。これらの診断、救急治療、手術を主として、非手術的治療、リハビリテーションを行います。

　日本脳神経外科学会専門医、日本脳卒中学会専門医、日本脳神経血管内治療学会専門医、脳卒中の外科学会技術認定医・指導医、日本神経内視鏡学会技術認定医が在籍しています。脳卒中ケアユニット(SCU)は神経内科と共同で運営しており、また京都大学および国立循環器病研究センターの協力を得て、脳卒中診療の経験を積んだ医師が24時間365日常駐しています。

血管撮影装置
　頭部の専用機として、バイプレーン血管撮影装置1台（フィリップスAlluraCrarity FD20/15）を使用しています。XperCT・3DRAの機能や2Dパフュージョン、3D・骨付きロードマップ等充実したワークステーションを備えています。また、血管撮影室は、手術中に血管撮影を行えるハイブリッド手術室として機能します。

術中ナビゲーションシステム
　手術中にポインタを指した部位が、MRIやCT画像上に示される手術支援機器です。開頭腫瘍摘出術、経蝶形骨洞手術、神経内視鏡による水頭症手術などの安全性を高めるために有用です。

超音波破砕吸引器
　脳腫瘍の手術で、腫瘍の摘出が効率良く行えます。また頭蓋内手術で骨削除を行う際に深部でも安全に骨切削が行えます。

筋電図・誘発電位検査装置
　神経機能を確認しながら手術を行うことで、障害を起こさないようにできます。保護できる機能は、1）上下肢・顔面・舌・のどの運動、2）上下肢の感覚、3）視覚、4）聴覚です。